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Gérer un arrêt maladie en Suisse

Arrêt maladie en Suisse : qui vous paie, combien de temps, et quelles démarches effectuer ? Cet article vous explique tout, du certificat médical à l'assurance invalidité.

1 juin 2025·3 min de lecture
Gérer un arrêt maladie en Suisse

Vous vous réveillez un matin avec une forte grippe, un burn-out qui s'installe, ou une opération qui vous immobilise pour plusieurs semaines. La question qui suit immédiatement est souvent la même : que faut-il faire, dans quel ordre, et qui va vous payer pendant ce temps ? En Suisse, les règles entourant l'arrêt maladie sont relativement bien protectrices, mais elles ne s'appliquent pas automatiquement. Il faut connaître les démarches pour ne pas perdre ses droits.

La bonne nouvelle, c'est que le système est logique une fois qu'on le comprend. Voici tout ce que vous devez savoir, étape par étape.

Prévenir son employeur sans attendre

Dès que vous savez que vous ne pouvez pas travailler, vous devez informer votre employeur le plus tôt possible, idéalement le matin même de votre absence. Un simple appel ou un message suffit dans un premier temps. Ce n'est pas une obligation légale fixée à l'heure, mais le Code des obligations suisse (CO, art. 321a) impose au travailleur d'agir dans l'intérêt de l'employeur. Prévenir rapidement en fait partie.

Ensuite, vous avez en général deux à trois jours pour fournir un certificat médical (aussi appelé certificat d'incapacité de travail). La plupart des entreprises précisent ce délai dans leur règlement interne ou dans le contrat de travail. Passé ce délai sans justificatif, l'employeur peut, dans certains cas, considérer l'absence comme injustifiée. Le certificat est délivré par votre médecin traitant, un médecin de garde ou les urgences, et il mentionne la durée de l'incapacité.

Qui vous paie pendant l'arrêt maladie ?

C'est la question centrale, et la réponse dépend de deux éléments : la durée de l'arrêt et ce que prévoit votre employeur.

En Suisse, la loi garantit le maintien du salaire pendant une certaine période, grâce à l'échelle de Berne (utilisée notamment à Zurich, Berne, et dans de nombreux cantons alémaniques) ou à l'échelle bernoise adaptée. La durée du maintien du salaire dépend de vos années de service :

  • Première année de service : 3 semaines de salaire garanti
  • Après 2 ans de service : environ 2 mois
  • Après 5 ans : environ 3 mois
  • Après 10 ans : environ 4 mois

Ces durées varient légèrement selon le canton et le système de calcul appliqué (échelle de Berne, de Bâle ou de Zurich).

Mais beaucoup d'employeurs suisses ont souscrit une assurance perte de gain maladie collective (souvent appelée assurance indemnités journalières selon la LCA ou la LAMal). Dans ce cas, vous pouvez recevoir en général 80% de votre salaire pendant 720 jours sur une période de 900 jours. Cette assurance prend le relais après le délai d'attente défini dans le contrat (souvent 30 jours). Lisez votre contrat de travail ou demandez à votre service RH pour savoir si vous en bénéficiez.

Le rôle de l'assurance maladie de base (LAMal)

Votre assurance maladie obligatoire (LAMal) ne couvre pas automatiquement la perte de salaire. Elle couvre les frais médicaux : consultations, médicaments, hospitalisations, selon votre franchise et votre quote-part.

Certains assurés ajoutent volontairement une assurance indemnités journalières en cas de maladie à leur LAMal. Dans ce cas, vous recevez une indemnité journalière fixe (par exemple 50, 100 ou 200 francs par jour) pendant votre incapacité. Ce montant et les conditions sont définis dans votre contrat. Si vous êtes indépendant, cette option est particulièrement importante car vous n'avez pas d'employeur pour maintenir votre salaire.

Les caisses comme CSS, Helsana, Swica ou Sanitas proposent ces couvertures complémentaires. Si vous n'êtes pas sûr de ce que votre police couvre, appelez directement votre caisse maladie.

Durée longue : quand l'AI entre en jeu

Si votre incapacité de travail dure plus de 30 jours, vous devez vous annoncer à l'Office AI de votre canton (Assurance-invalidité, gérée par l'OFAS au niveau fédéral). Ce n'est pas une reconnaissance d'invalidité, c'est simplement une annonce précoce qui permet d'activer rapidement des mesures de réinsertion (reconversion, adaptation du poste, soutien professionnel).

Cette démarche se fait via le formulaire «Détection et intervention précoces» disponible sur le site de votre office AI cantonal. Par exemple, à Genève, c'est l'OCAS qui gère ces demandes. À Vaud, c'est l'OAI Vaud. Le délai recommandé est d'agir avant 30 jours d'absence consécutive, même si une annonce plus tardive reste possible.

Spécificités cantonales à connaître

Quelques différences importantes selon les cantons :

  • À Genève, les fonctionnaires cantonaux bénéficient d'un régime spécifique avec maintien du plein salaire pendant une durée plus longue que le secteur privé.
  • Dans le canton de Vaud, certaines conventions collectives de travail (CCT) dans la construction ou l'hôtellerie prévoient des règles particulières sur l'indemnisation.
  • À Zurich, l'échelle zurichoise de maintien du salaire est légèrement plus généreuse que l'échelle bernoise standard.

Vérifiez toujours si une CCT s'applique à votre secteur, car elle peut prévoir des conditions plus favorables que la loi.

Ce qu'il faut retenir

  • Informez votre employeur le jour même de votre absence et fournissez un certificat médical dans les délais fixés par votre contrat (souvent 2 à 3 jours).
  • Vérifiez dans votre contrat de travail si votre employeur a souscrit une assurance perte de gain collective : cela change radicalement votre niveau de protection financière.
  • Si votre arrêt dépasse 30 jours, annoncez-vous à l'Office AI de votre canton sans attendre, même si vous pensez reprendre le travail bientôt.

Erreurs fréquentes à éviter

Ne pas prévenir son employeur rapidement : même si vous vous sentez mal, un simple message suffit. Attendre le lendemain ou plusieurs jours peut créer des tensions inutiles voire des conséquences contractuelles.

Croire que la LAMal couvre la perte de salaire : l'assurance maladie de base rembourse les soins, pas votre manque à gagner. Si vous n'avez pas d'assurance indemnités journalières et que votre employeur n'en a pas souscrit une, vous dépendrez uniquement du maintien légal du salaire, qui est limité dans le temps.

Oublier d'annoncer un arrêt long à l'AI : beaucoup de personnes pensent que c'est démarche pour les cas graves uniquement. En réalité, une annonce précoce permet souvent d'éviter une invalidité durable grâce à des mesures de soutien adaptées. C'est gratuit, sans engagement, et ça peut faire une vraie différence.

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